События игры разворачиваются в 1974 году, через 10 лет после событий Metal Gear Solid 3: Snake Eater и через 4 года после Metal Gear Solid: Portable Ops, в Латинской Америке. В республике Коста-Рика в обстановке глубокой тайны высаживаются целая засекреченная армия — таинственные вооруженные силы с новейшим на то время оружием. Правительство страны, еще с 1949 года отказавшейся от собственной армии, не в состоянии препятствовать вторжению, но и не может обратиться к более сильным соседям — это означает потерю независимости. Вместо этого Коста-Рика тайно нанимает легендарного командира Нейкед Снейка и его вооруженную группировку Militaires Sans Frontieres, для того, что бы те без лишнего шума разобрались с вторжением.